Desde la desaparición de Santiago Maldonado el pasado 1 de agosto y la apertura de la investigación, se han realizado hasta la fecha tres rastrillajes por las costas del río Chubut, con características y procedimientos diferentes en cada caso.
En el primer rastrillaje, efectuado dos semanas después de la desaparición de Maldonado por orden del entonces juez a cargo Guido Otranto, se realizó en la zona donde el activista habría sido visto por última vez, cerca de la comunidad mapuche Pu Lof en Resistencia. Allí se desplegaron más de un centenar de efectivos de la Policía Federal y Prefectura, además de perros. Incluso se utilizó un helicóptero y varios drones. También se rastrilló la Estancia Leleque, ocupada por los aborígenes, y se allanaron las dos sedes de Gendarmería Nacional en Esquel y El Bolsón, siendo en este último donde se hallaron rastros de sangre y cabellos, cuyos análisis dieron negativo.
En aquel entonces, los animales del Grupo Especial de Búsqueda y Salvamento con Canes de la Policía de Santiago del Estero detectaron el rastro de Maldonado hasta la costa del río Chubut. Sin embargo, la negativa tajante de los mapuches y la inacción de Otranto impidieron continuar con las tareas de búsqueda en ese sector, aduciendo que estaban en "territorio sagrado", lo que provocó demoras en la investigación.
Más de tres semanas después, más precisamente el 8 de septiembre, Otranto ordenó otro minucioso rastrillaje en ambas márgenes del río Chubut y aguas abajo de la tomada Estancia Leleque, que se extendió hasta la desembocadura del curso de agua en el océano. A estas tareas se sumaron buzos tácticos y refuerzos de la Policía Federal, que superaron los 300 efectivos.
Pese al gran despliegue operativo que requirió la búsqueda en el lecho del río y las diversas herramientas utilizadas por los buzos para detectar cualquier cuerpo, los resultados fueron negativos.
Tuvo que pasar más de un mes para que la Justicia federal patagónica volviera a buscar a Maldonado. Debido a una orden del nuevo juez Lleral, a pedido de la fiscal Silvina Ávila, buzos tácticos de la Prefectura Naval y perros especializados en el reconocimiento de cadáveres bajo el agua, provenientes de distinas partes del país, se desplegaron en los sectores cercanos al primer rastrillaje para reanudar las operaciones.
Gracias a una amplia búsqueda que abarcó más espacio en el interior del río y la actuación de los canes con sus entrenadores, se encontró un cuerpo en uno de los márgenes del Chubut, atrapado por unas ramas en un sector bastante profundo.