Sí es cierto, Cristina destacó en su discurso antes de mencionarlo, su lealtad y valentía, "atributos fundamentales para encarar los tiempos que vienen". La mandataria también reconoció sus méritos en el Anses, pero además de todo Amado Boudou siempre fue más cristinista que kirchnerista, su vínculo con Néstor Kirchner pasó por algunos sobresaltos y hasta en algunos casos escándalos, según publicadiario La Nación.Boudou reemplazó a Carlos Fernández como jefe del Palacio de Hacienda el 8 de julio de 2009. Formó parte del recambio decidido por Cristina Kirchner (y por Néstor, claro) tras el cimbronazo por la dura derrota en las elecciones legislativas días antes. Boudou era el presidente pero Kirchner seguía siendo el mandamás de la economía.
A Amado le gusta el buen vivir, los autos de lujo, las motos, incluso está siendo investigado por la compra de 19 autos de alta gama sin licitación pública en diciembre de 2009, cinco meses después de asumir.
Otro de sus conflictos fue cuando Martín Redrado salió del BCRA y anunciar que Mario Biejer sería su reemplazante, hecho que enojó al marido de la presidenta en ese momento, incluso se dijo que lo iban a despedir. Este ministro sin poder, como tantos en el gobierno central, todos sabían que cuando Kirchner tomaba decisiones económicas, sólo le consultaba a Guillermo Moreno, jamás a Boudou.
Las negociaciones con el Fondo: en agosto de 2010, Kirchner desplazó a Boudou de la negociación con el FMI. Designó como delegado argentino ante el fondo a Alfredo Mac Laughlin, un funcionario de su más estrecha confianza.