El actual nombre del departamento proviene del vocablo mapuche MALAL-HUE que significa: lugar de bardas rocosas o lugar de corrales naturales. Malal es una barda o pequeña elevación, que tiene por un costado un borde cortado a pique y que por su ubicación en las márgenes de los ríos, lo hacen utilizable para el encierro de grandes piezas de caza o de hacienda. Hue significa lugar, en el idioma de los indios.
El primer antecedente que tenemos de Malal-Hue, lo encontramos en la época del descubrimiento y exploración de nuestras tierras, cuando en 1552 Don Francisco de Villagra, efectuó la primera expedición al oriente de Los Andes, posiblemente buscando la Ciudad de los Césares, logrando descubrir Malal-Hue.
Más tarde en 1563, después de fundada Mendoza, se tienen noticias alarmantes de los naturales que habitaban la región A partir de entonces muchas expediciones militares, de conversión religiosa, de hombres de ciencia o de simples aventureros, han recorrido la zona.
Castillos de Pincheira
En 1846 se erigió el fortín Malargüe, cuya implantación estuvo a cargo del Capitán Don Juan Troncoso.
En 1847 el Comandante de frontera Juan Antonio Rodríguez informa de la fundación de la Villa del Milagro, entre el arroyo El Chacay y el río Malargüe. Contaba entonces con una población blanca de 120 personas, entre hombres y mujeres.
Creación del Departamento
Malargüe se constituye en departamento en virtud de un proyecto de ley del Poder Ejecutivo de la Provincia, sancionada por la Honorable Cámara Legislativa en su sesión del 30 de abril de1877, cuando los habitantes eran escasos aún en la región y el indio pugnaba por defender el suelo de sus mayores, llevando malones y acción de exterminio a todos los puntos de la nueva jurisdicción provincial.
Cinco largos años pasaron antes de darse cumplimiento a la mencionada ley, pues recién por decreto de fecha 10 de agosto de 1882, durante la gobernación de José Miguel Segura, se dividió Malargüe en tres cuarteles, y fueron nombradas sus autoridades.
Pozo de las Animas
En una comunicación del 26 de septiembre de1882, firmada por el señor Martín Zapata primer Subdelegado de Malargüe, dirigida al Ministro de Gobierno, da cuenta de que con fecha 20 del mismo mes ha quedado instalado el personal de la Comisaría de Malargüe En 1886, durante la gobernación de Rufino Ortega, se procedió a la fundación de la Villa Cabecera de Malargüe, por decreto que lleva fecha 16 de enero de 1886.
La denominación Malargüe, es cambiada a los 10 años de su creación por decreto del 17 de mayo de 1887. El nuevo nombre de Coronel Beltrán, en homenaje al sacerdote del Ejército de San Martín, el cual fuera jefe de maestranza, y al que proveyó de armas, municiones y bagajes.
Bajo esta denominación dura 5 años su autonomía, siendo unido al departamento de San Rafael, que en ese momento tenía el nombre de 25 de Mayo, durante la gobernación de Deoclesio García y por ley del 26 de marzo de 1982.
En 1902 se entrega a Rufino Ortega la propiedad de los campos del Chacay y Cañada Colorada, excluyendo las 2.500 has. para la Villa de Malargüe.
La Orteguina, tenía su propio molino harinero, que fue construido con adobe amasado con barro y paja de trigo pisado por caballos para darle mayor consistencia. Aún se conserva la estructura de sus paredes, algunas de las cuales alcanzan un metro de espesos. Trabajaron en su construcción los empelados de Ortega e indios que habían traído después de la campaña. Este molino dejó de funcionar con la erupción del volcán Descabezado en 1932, pues quedaron todos los campos y el molino sepultados en cenizas. Su producción abastecía a toda la región, comercializándola con San Rafael y Chile.
También en los dominios de Ortega se construyeron grandes corrales que actualmente se conservan. Dichos corrales tenían capacidad para 12 mil cabezas de ganado.
Para poder solucionar el problema de agua, Ortega logra que se le concedan en mayo de 1887, derecho sobre aguas del río Atuel, para cultivas terrenos que poseía en el departamento. La toma que realiza es una legua más debajo de la confluencia con el río Salado, constituyéndose en el primer canal que se abrió en este río.
La labor del general Ortega, aunque se reconozcan los aspectos negativos de su dominio de la tierra, como fueron el aprovechar sus vinculaciones en el gobierno en su beneficio o el de sus conocidos, el trabajo forzado de quienes habían perdido su tierra y no podían ya elegir sobre que hacer con sus vidas, sus concesiones extremas de los derechos desaguar y de otras, que seguramente existieron, no desmerece el impulso que imprimió a la región. Perteneciente a una generación de gobernantes.
En 1950 se creó en forma definitiva el Departamento de Malargüe, por Ley Nº 1937 de fecha 16 de noviembre de 1950, siendo Faustino Picallo gobernador de la Provincia.