El sentimiento de los inversores también se vio afectado negativamente por las especulaciones sobre la posibilidad de que la Reserva Federal de Estados Unidos flexibilice aún más su política monetaria para impulsar la recuperación de la economía, según despacho de la agencia alemana DPA.
El índice Tópix, más amplio que el Nikkei, retrocedió 14,84 puntos, 1,77 por ciento, para finalizar la jornada en 824,6 enteros.
El dólar había caído el lunes a su nivel más bajo en 15 años, al cotizarse en el mercado de Sídney a 81 yenes.
La Bolsa de Tokio estuvo cerrada el lunes con motivo de un feriado nacional.
El ministro de Finanzas de Japón, Yoshihiko Noda, dijo hoy que el gobierno nipón actuará de manera "decisiva", de ser necesario, para frenar la apreciación del yen, eventualmente con una nueva intervención en el mercado.
En el mercado de divisas, el dólar se cambiaba por la tarde a 81,81-84 yenes, por debajo de los 82,39-40 yenes en la tarde del pasado viernes.
El euro se cotizaba a 1,3838-41 dólares, por debajo de los 1,3917-18 dólares del viernes, y a 113.23-26 yenes, también por de debajo de los 114,66-70 yenes de la jornada previa.
Martes negro en la Bolsa de Valores de Tokio
El índice Nikkei de la Bolsa de Valores de Tokio, el principal del mercado financiero nipón, perdió hoy 200,24 puntos, 2,09 por ciento, para cerrar en 9.388,64 unidades, debido a la fortaleza del yen frente al dólar.